เรื่องราวของ เนตร (เกวลิน ศรีวรรณา) กำพร้าพ่อและแม่ ตั้งแต่อายุ 14 ปี ทิ้งไว้แค่ เบิ้ม (ภูริพันธ์ ทรัพย์แสงสวัสดิ์) น้องชาย ในวันที่เหมือนฝันร้ายของเนตร เป็นวันที่เธอและครอบครัวกำลังนั่งเรือล่องแม่น้ำแม่กลอง แต่เรือที่นั่งมาถูกเรือขนส่งโดยสารขนาดใหญ่ชนเข้าอย่างจัง ขจรและบังอร พ่อแม่ของเนตรถูกแรงกระแทกอย่างหนัก เนตรพยายามจะช่วยดึงพ่อแม่ไว้ แต่พ่อและแม่รู้ดีว่า ไม่มีทางรอดชะตากรรมครั้งนี้ได้ จึงยอมสละการช่วยเหลือต่อชีวิต เพื่อให้เนตรรักษาชีวิตของเบิ้มน้องชายไว้ ทำให้เป็นปมในใจของเนตรมาตลอดว่า เธอทำให้พ่อกับแม่ต้องตาย

เนตรอยู่ในอาการขั้นโคม่า แต่แล้วปาฏิหาริย์ก็พาเธอรอดจากอาการโคม่า ซึ่งใครที่อยู่ในอาการนี้ เป็นการติดอยู่ระหว่างโลกความเป็นกับโลกความตาย เนตรฟื้นขึ้นมาอย่างปาฏิหาริย์ และเธอเริ่มมองเห็นวิญญาณ หรือคนตาย ตั้งแต่นั้นมา เนตรต้องใช้ชีวิตปะปนกับทั้งคนและวิญญาณมาตลอด

หลังจากเรียนจบมหาวิทยาลัย เนตรใช้เวลาส่วนหนึ่งของชีวิต ในการสอนหนังสือเด็กประถมในโรงเรียนเล็ก ๆ ที่อัมพวา และเลือกที่จะอุทิศตัวเป็นจิตอาสาให้กับทีม อัมพวาอาสาชุมชน เพื่อรักษาชีวิตช่วยเหลือผู้อื่นให้ได้ ทดแทนปมในใจที่เธอไม่สามารถช่วยชีวิตคนที่เธอรักสุดหัวใจไว้ได้ และปฏิญาณกับตนเองว่าจะช่วยทุกชีวิตที่ผ่านเข้ามาให้ได้

ศรเทพ (ปภาวิน หงษ์ขจร) ชายหนุ่มวัย 28 ปี มาจากครอบครัวใหญ่ที่มีฐานะในกรุงเทพฯ แต่ศรเลือกที่จะทิ้งชีวิตในเมืองกรุง มาใช้ชีวิตที่อัมพวา โดยมาสร้างโรงแรมนทีบุรี เพื่อหวังจะให้เป็นแลนด์มาร์คแห่งใหม่ของอัมพวา และช่วยเหลือคนในชุมชนให้มีงานทำ แต่แท้จริงแล้ว ศรอยากปลีกตัวเองออกจากสังคมเมืองกรุง เพราะมีความทรงจำวัยเด็ก คิดว่าตนเองเป็นสาเหตุที่ทำให้พ่อต้องตาย คุณอรอนงค์มารดานักธุรกิจของศร ที่เป็นเจ้าของธุรกิจโรงแรมใหญ่หลายแห่งทั่วประเทศ มักคิดอะไร ๆ เป็นเงินเป็นทอง ซ้ำยังบ่มเพาะให้ศรคิดแต่เรื่องผลประโยชน์ตามไปด้วย ซึ่งสวนทางกับความเป็นตัวตนของศร ที่สำคัญศรไม่ให้อภัยต่อแม่ตัวเอง ที่ทอดทิ้งพ่อของเขาไป จนทำให้ศรปฎิเสธความรักมาโดยตลอด

วันหนึ่ง เนตรและศรได้บังเอิญมาเจอกัน ในวันที่ศรจะทำการเปิดโรงแรมนทีบุรี แต่เนตรกลับเห็นวิญญาณหญิงสาวกำลังจะกระโดดสะพานข้ามแม่น้ำ ซึ่งไม่ห่างไกลจากโรงแรม เนตรต้องการรู้ความจริงให้ได้ว่า วิญญาณต้องการอะไร เพราะเธอตั้งปณิธานไว้ ว่าจะต้องช่วยทุกชีวิต ไม่ว่าจะเป็นคนหรือวิญญาณก็ตาม ติดตามชมซีรีส์ วิญญาณพิศวง